至AlphaFold2问世之后，各类投资机构原本拨给结构生物学的90%以上的经费，都划拨给了生物AI的实验室，现在像冷冻电镜解析蛋白质结构的研究，在nsf根本拿不到经费

这也可能是颜宁归国的一个重要原因之一，更大的原因是因为颜宁想归国发挥她自己更大的价值！

新药研发“山高峰险” AI for Science提速进度条走到哪了？

日前，在深势科技的新一代药物计算设计平台 Hermite发布会上发布，目前最有效的分子模拟技术比上一代效率提升了1000倍以上。

“AI for Science作为一种新的研发范式已经成为领域热点，我们从业者应该持续定义与解决行业关键问题，运用一切先进的计算手段提升计算模拟效率，从而尽快促进药物研发模式从随机筛选走向理性设计，从经验驱动迈向数据与模型驱动，从‘劳动密集’到‘计算密集’的智能化转变。”

研发的每个环节都有提升空间

药物研发要经历靶点的发现与验证、先导化合物的发现与优化、候选化合物的挑选及开发和临床研究等多个阶段。大体来看，临床前研究的不确定性更大，临床研究的成本则更高。

从本质上来说，小分子化学药是由原子、分子排列组合而成的，他们的结构与其对疾病相关靶点的活性和其他成药性质息息相关，需要通过实验试错来找到、优化出理想的物质结构，再通过动物模型验证，最终面临临床试验的终极大考。

传统的小分子药物研发，通过实验从已知分子库中穷举探索动辄上万个类药分子，并基于科学家的经验和见解进行设计优化、再实验验证，如此反复数轮，最终找到潜力药物。

耗时费钱的实验具有局限性，与科学家的个人经验、甚至运气高度相关；而其中的筛选试错、设计优化等步骤，完全可以借助AI算法来提高效率和成功率。以深势科技此次发布的Hermite平台为例，该平台涵盖了从蛋白结构预测到动力学研究，从苗头化合物发现到自由能评估等环节。如蛋白质结构预测工具Uni-Fold，较以往平台训练时间至少可以减少50%，复合蛋白预测精度至少提升15%；Uni-IFD可以精确预测药物与靶点的结合模式；Uni-FEP能够基于自由能微扰理论、分子动力学、增强采样算法，以化学精度高效评估蛋白质与配体的结合亲和能。

AI+药企的合作已经落地

除了创新药企，CXO企业也正在与AI制药建立联系

据悉，近期刚刚上市的CXO企业泓博医药（301230.SZ）与深势科技已经合作超过一年。”我们有6个客户、8个项目使用了深势科技的Hermite平台，发现在设计的分子与蛋白结合的亲和力这一块，模拟出来的数据和实测的数据非常吻合。本来一般情况下，这个过程需要2至3年，现在可以很大程度地缩短时间。”泓博医药药物化学高级副总裁蔡振伟博士告诉《科创板日报》记者。

对于当前科学实验中遇到的问题，深势科技创始人兼CEO孙伟杰还特别提出了科学实验算法的分级理论，即如何对算法设定合理的期望，怎样的算法是可以大规模替代实验的工业级算法。算

分为L1至L3三个级别：L1为模仿现实，即对实验结果的复制和外推；L2为预测现实，对现象的预测接近实验精度，并有可预期的误差范围；L3为搜索现实，这就要求能够准确预测现象，并能从空间中直接搜索最佳结果。

“当前，对于化学、生物、材料、药物等实验学科，并不一定追求百分之百准确的算法，只要能够大幅缩小实验误差，明确精度边界，就可以大规模的替代此前的实验模式，所以大规模推广L2级别，积极发展L3级别的算法，将引领未来实验科学算法的前进方向。我们的目标是到2025年，在主要模块上实现L2级别的算法；到2023年实现L3级别的算法。”孙伟杰说。

共创计算服务新范式，泓博医药与深势科技达成战略合作

2022年3月3日，上海泓博智源医药股份有限公司（“泓博医药”）和北京深势科技有限公司（“深势科技”）共同宣布签订战略合作协议，达成长期战略合作关系。双方基于各自研发及服务领域的协同性和互补性，就小分子药物相关的临床前研究展开合作。

根据协议，泓博医药将结合自身在药物化学方面已有的平台，深度融合深势科技的 Hermite Uni-FEP 自由能微扰计算模块，显著提升在化合物优化阶段的交付效率，为行业客户打造面向未来研发范式更具价值的服务体系。未来，双方还将在商业化拓展及CADD人才发展等领域展开进一步的合作。

关于FEP自由能微扰计算

FEP是目前公认精度最高、迁移性最好的亲和力评估计算方法。此次泓博医药部署的Hermite Uni-FEP是深势科技自研的FEP完整解决方案，它将自由能微扰理论、分子动力学、增强采样算法与高性能计算相结合，能够以化学精度高效评估蛋白质与配体的结合自由能，实现工业规模的先导化合物优化筛选，提升药物研发效率。

在深势科技看来，AI是计算工具之一。在AI+Science科学研究范式下，通过“多尺度物理模型+AI+高性能计算”的新一代分子模拟技术，深势科技可突破性地实现多尺度分子模拟中精度与效率的统一，为药物领域带来极具突破性的计算模拟及设计工具。最终计算不止可以辅助制药，而是可以部分代替实验，通过微尺度工业设计平台将过去业内以“炒菜”式实验为主的试错式研发模式，逐渐转变为“计算设计-实验验证”的理性设计研发模式。

本次合作的Uni-FEP是深势科技Hermite药物计算平台的核心模块，平台定位于提供一站式的早期药物研发解决方案，包含了从蛋白结构/靶点识别/虚拟筛选到先导化合物优化和分子推荐等各个阶段的功能模块，同时基于云计算和GPU加速做了大量的开发工作，从而能够适配当今对高精度和大通量计算的需求，在算力-算法-数据以及产品易用度层面都对传统的CADD工具进行了变革和创新。